|
|
Predikce proteinových domén
Valenta, Martin ; Martínek, Tomáš (oponent) ; Burgetová, Ivana (vedoucí práce)
Práce představuje oblast proteinů a jejich domén. Stručně popisuje metody získání proteinové struktury na různých úrovních hierarchie. Pozornost je dále věnována existujícím nástrojům pro predikci proteinových domén a databázím sdružujícím informace o doménách. Dále jsou představeni vybraní zástupci metod predikce pracující jak s informacemi o vnitřní struktuře molekuly, tak se sekvencí aminokyselin. V příslušné kapitole je nastíněn realizovaný postup predikce hranic domén z primární struktury proteinu, využívající neuronovou síť. Zbývající část práce se zabývá testováním vytvořené implementace metodou křížové validace a možnostmi jejího dalšího rozvoje.
|
|
|
Proteinové domény využitelné k vývoji vazebných molekul
Dobešová, Petra ; Malý, Petr (vedoucí práce) ; Veverka, Václav (oponent)
Malé proteinové domény jsou základními stavebními jednotkami v přírodě se vyskytujících proteinů. Mnohé z těchto domén vynikají svou stabilitou a absencí disulfidických vazeb, a proto se jejich struktury stávají atraktivními nástroji pro tvorbu uměle vytvářených vazebných molekul. Prvním krokem k vytvoření nových typů vazebných proteinů je nalezení základní nosné a neměnné struktury dané domény, tzv. scaffoldu, která se určí počítačovým modelováním s následnou identifikací vyměnitelných aminokyselinových zbytků. Tím je definován sekvenční rámec pro konstrukci vysoce komplexní kombinatoriální knihovny, která slouží jako výchozí nástroj k cílené selekci požadovaných vazebných variant. V závislosti na použité selekční technice jsou jednotlivé varianty proteinu testovány na schopnost vázat zvolenou cílovou molekulu s vysokou specifitou a afinitou. Malé proteinové molekuly postrádají posttranslační modifikace, jsou teplotně stabilní, odolné proti řadě organických činidel a mohou být produkovány ve velkém množství v bakteriích. Jejich výhodou je snadná modifikovatelnost, a díky malé velikosti i vysoká pronikavost tkáněmi. Pro tyto vlastnosti jsou malé vazebné proteiny užitečným nástrojem pro nové biotechnologie a perspektivní alternativou k monoklonálním protilátkám. Cílem předložené bakalářské práce je shrnout...
|
|
|
Predikce proteinových domén
Valenta, Martin ; Martínek, Tomáš (oponent) ; Burgetová, Ivana (vedoucí práce)
Práce představuje oblast proteinů a jejich domén. Stručně popisuje metody získání proteinové struktury na různých úrovních hierarchie. Pozornost je dále věnována existujícím nástrojům pro predikci proteinových domén a databázím sdružujícím informace o doménách. Dále jsou představeni vybraní zástupci metod predikce pracující jak s informacemi o vnitřní struktuře molekuly, tak se sekvencí aminokyselin. V příslušné kapitole je nastíněn realizovaný postup predikce hranic domén z primární struktury proteinu, využívající neuronovou síť. Zbývající část práce se zabývá testováním vytvořené implementace metodou křížové validace a možnostmi jejího dalšího rozvoje.
|
host ::
RSS.